民國92年（2003）

　　3月8日，高市鼓壽宮由董事長王憲亮率領全程步駕至臺南大天后宮拜祖進香。

　　4月23日，鹽埔朝鳳宮蘇石定主任委員、呂清輝副主任委員率善信回宮謁祖進香。

　　大天后宮第二期修復完成，計費新臺幣陸仟萬元有奇。

民國93年（2004）

　　陳水扁總統頒「慈雲惠濟」匾。

　　鎮殿大媽神像頭部崩塌，依《文化資產保存法》，由臺南藝術大學張元鳳教授負責調查報告、規劃設計、監工記錄。日籍教授森純一、長澤市郎為顧問，本土工師杜牧河負責施工。大天后宮由主任委員曾吉連、常務委員許穆燦、魏茂雄及委員林森榮等主持修護。

　　6月18日，中國國務院民政部批准籌備成立「中華媽祖文化交流協會」，大天后宮受邀參加籌組工作。

　　12月26日，屏東慈鳳宮擬恢復日治大正10年之五州會香盛況，主任委員郭天財、總幹事陳振輔恭請大天后宮三媽南下，邀請大天后宮曾主委吉連號召高屏各廟參與慈鳳宮南巡遶境阿猴街之「小五洲香」。

民國94年（2005）

　　重修鎮殿大媽神像，市長許添財捐助新臺幣參佰萬元，由曾吉連主事督修。整修過程中，日籍顧問森純一教授發現原神像肩部木構有燒焦痕跡，泥塑土層有三種新舊不同之土質，研判在道光元年已經修復過，復從神像腹內取出清代石牌三面，記載「天上聖母降誕於大宋建隆元年三月廿三日吉時；重興總事三郊蘇萬利、金永順、李勝興、監生陳英疆立，道光元年泉郡晉水陳成居恭造，道光二年十一月十六日午時開光大吉」。

民國95年（2006）

　　大媽神像重光升座，陳水扁總統親臨主祭。

　　新復成文教基金會董事長侯蔡雪吟信奉虔誠，敬獻黃金打造的奏版，重量89兩，手持純金奏版由蘇建安、蘇啟松兄弟所造。

　　立法院長王金平獻匾「福庇環瀛」。

　　4月16日，鐵線橋通濟宮東西堡媽祖恢復下郡進香，由主任委員蔡玉輝率領，陣容盛大。

　　4月25日分靈日本橫濱天后宮，由外交部長黃志芳主祭，橫濱天后宮林兼正理事長、大天后宮曾吉連主委陪祭。

　　高雄新莊天后宮95年5月13、14日由主委洪春基率領陣頭神輿步駕大天后宮謁祖，嗣後並晉升「南三媽」與大天后宮同往莆田平海天妃宮巡海祭典。

　　大天后宮受邀南巡會香，曾主委吉連發起全島之媽祖廟參與屏東慈鳳宮主辦五州大會香，大天后宮暨全臺十大媽祖廟（臺北府天后宮、新莊慈裕宮、桃園慈護宮、臺中萬和宮、北港朝天宮、高雄鼓壽宮、里港雙慈宮、萬丹萬惠宮、新園新惠宮、澎湖天后宮）共襄盛舉，事隔三天，恆春大地震，莫不贊嘆神助之功，而全臺平安。

　　9月24日，主任委員曾吉連暨全體委員恭請鎮南媽渡海赴湄洲謁聖，並與大甲鎮瀾宮同行巡海祈福遶境。

　　12月10日，萬丹萬惠宮主任委員黃偉評、常務監事陳立榜恭請大天后宮三媽南下出巡遶境。

民國96年（2007）

　　3月17日曾主委吉連組團前往橫濱天后宮參加週年慶媽祖祭，引進臺灣府城「迎媽祖」之傳統文化，震撼日本僑界。以宗教交流促進中日兩國友誼暨僑界大團結。

　　11月27日，四草大眾廟主任委員吳泰山，恭請大天后宮鎮南聖母出巡安南區十六寮（外武定里十八莊）。

　　12月於廟南側原明宗人府址，興建「媽祖梳妝樓」。主其事者曾主委、功德會王會長翠那出資購地。

民國97年（2008）

　　4月27日，高雄田寮古亭隆后宮主任委員林明春率領文武陣頭三千多人回宮謁祖進香。

　　5月6日，馬英九總統贈匾大天后宮，親題「慈航普濟」，當日福建泉州通准關岳廟吳金炎董事長，亦率副董事長吳慶祥及團員到宮參拜，獲馬總統接見合影留念。

民國98年（2009）

　　2月27日，何達煌董事長恭請大天后宮三媽，北上嘉義新港奉天宮出巡遶境。

　　3月27日，戴清福主任委員恭請大天后宮三媽南下岡山壽天宮參加遶境祈福。

　　10月18日，張煜昇主任委員恭請大天后宮三媽參加祈福法會及參加臺中萬春宮出巡遶境，駐駕臺中達一個月之久。

　　10月30日，大天后宮主任委員曾吉連當選為中華媽祖文化交流協會 副會長。

　　10月31日，立法院長王金平主持祭典，泉州關岳廟由吳金炎董事長，帶領副董事長翁輝煌、學者專家吳幼雄教授，及董監事來臺參拜媽祖，吳金炎董事長代表贈送「太平金鼓」之匾額給王院長，雙方交流熱絡。

　　12月27日，主任委員林皆勝恭請大天后宮三媽，南下參加楠梓天后宮請水香遶境，駐駕一個月。

民國99年（2010）

　　4月3日，主任委員陳漢昇恭請三媽南下參加旗津天后宮祭典及遶境。

　　4月30日，茅港尾天后宮恢復大北門入，大北門出之古禮，由主任委員馮進士率領陣頭回宮謁祖進香。

　　5月2日白河永安宮漳洲媽由主任委員楊耀崑率領回郡謁祖進香。

　　5月29日，大天后宮主任委員曾吉連率善信完成旗尾朝天宮（主任委員蔡景隆、總幹事湯文典）三川殿木刻門神石雕彩繪等工程，並由臺北天后宮、善化慶安宮、岡山壽天宮、下營上帝廟、高雄鼓壽宮、左營新莊天后宮等廟宇協助完成屋頂結構工程。

　　8月25日莆田平海天后宮董事長宋文宗、秘書長安金國、常務副會長王文義暨全體董監事蒞臨大天后宮締結金蘭姊妹宮，再續前緣。

　　9月26日中華媽祖文化交流協會會長張克輝來臺新書發表，並到大天后宮贈送新書。大天后宮五祖拳小朋友以表演歡迎之，深受張會長讚揚。

　　10月19日庚寅年秋祭秩祀大典，總統馬英九親臨主祭，陪祭者有嘉義市長黃敏慧、臺南市市長許添財、立法委員陳淑慧等。霞洲媽祖宮董事長蔡景民及平海天后宮董事長宋文宗亦蒞宮參與盛典，熱鬧空前。

　　12月25日，臺南縣市合併升格院轄市，首任市長賴清德就任視事，並擔任本宮名譽主任委員。

民國100年（2011）

　　1月2日，左營新莊天后宮南三媽昇職，主任委員洪春基恭請大天后宮老三媽南下遶境。並敘匾與祈福祭典。

　　1月10日大天后宮邀請新園新惠宮、高雄鼓壽宮、楠梓天后宮、岡山壽天宮、屏東慈鳳宮、左營新莊天后宮、善化慶安宮、蘇厝第一代天府真護宮、臺東天后宮、臺東天聖宮、旗津天后宮、日本橫濱媽祖廟等宮廟赴泉州霞洲媽祖宮及莆田平海天后宮見證大天后宮與兩宮締結姐妹宮大典，並參加平海海巡創舉。

　　2月24日，北港朝天宮由董事長蔡咏鍀、耆老吳祥、副董事長蔡輔雄、常務董事蔡銘唐南下與大天后宮主任委員曾吉連、常務委員魏茂雄、許穆燦、委員林森榮、李憲宗、蘇介川共議，雙方放棄成見，臺南大天后宮與北港朝天宮恢復交誼，預定三年一科北港朝天宮南下郡城「往大天后宮會香，南都巡歷」，本年農曆11月6日至10日將首次舉辦。

　　4月8日，高雄鼓壽宮董事長蔡瑞彬率領善信恭請天上聖母列位正神，步駕臺南大天后宮飲水思源大典，大天后宮以「媽祖宴」接駕款待。

　　農曆3月29日旗津中洲仔廣濟宮主任委員蔡富雄恭請大天后宮三媽南巡遶境。

　　5月19日臺南大天后宮舉辦臺南縣市合併升格院轄市後的第一次迎媽祖。19日至20日聖駕車遶境原臺南縣境，21日至22日神駕巡歷內外五街。北港朝天宮、南鯤鯓代天宮、學甲慈濟宮、西港慶安宮、善化慶安宮、鹽水護庇宮、蘇厝第一代天府真護宮、大灣廣護宮、新營太子宮、安定保安宮、麻豆代天府、土城正統鹿耳門聖母廟、媽祖宮鹿耳門天后宮等及臺南市各宮廟共襄盛舉。

　　9月18日，南投慈善宮主任委員劉亮吉及宮主黃李濟，恭請大天后宮媽祖出巡遶境，主持祭典。

　　9月19日，竹滬華山殿主任委員劉崑芳恭請寧靖王及五妃娘娘回府城舊敘。

　　農曆10月25日至11月3日，善化慶安宮主任委員張志勝率領善信，恭請天上聖母回宮謁祖進香，並恭請大天后宮媽祖參與五朝清醮水陸法會及遶境。

　　11月11日下午七時，大天后宮五祖拳代表前往泉州參加比賽，中華媽祖文化交流協會會長張克輝特別接見大天后宮曾主任委員吉連及全體選手。

　　「百年盛會風華再現－北港媽祖下府城南都巡歷往大天后宮會香」，農曆11月6日上午9時北港媽祖起轎，由新營太子宮中壇元帥為開路先鋒。曾主委吉連再度邀請北港媽祖下府城南都巡歷往大天后宮會香。

　　農曆11月22、23、24日，新園新惠宮主任委員林明傑，邀請大天后宮主任委員曾吉連協助籌備，並邀請松山慈祐宮、臺北天后宮、新莊慈祐宮、桃園慈護宮、臺中萬春宮、臺中萬和宮、北港朝天宮、新港奉天宮、高雄鼓壽宮、萬丹萬惠宮、里港雙慈宮、屏東慈鳳宮、澎湖天后宮等全臺媽祖廟參與新惠宮五州會香、濟幽拔渡牽水藏祭典法會等。

民國101年（2012）

　　4月7日(3/17)三年一次白河永安宮回郡謁祖進香。

　　5月13日(4/23)嘉義大天宮神農文化季邀請大天后宮參加境內遶境。

　　6月9日(潤4/20)安定保安宮夜巡邀請本宮參加。

　　10月14日(8/29)臺北淡水福佑宮建廟230週年邀大天后宮參加遶境。

　　10月27日(9/13)大天后宮委員參加霞州媽祖宮慈航寶殿落成。

　　12月22日，大天后宮鎮南天上聖母駐駕旗山天后宮參加一個月壬辰年水火二朝福醮，七朝祈安清醮遶境活動。

民國102年（2013）

　　1月14日至19日參加莆田平海天后宮壬辰年媽祖文化節靖海巡遊及平安遶境活動。

　　5月8日(3/29)第十三屆副總統吳敦義來本宮行上香禮。

　　12月2日，大天后宮獲頒內政部宗教百景證書。

民國103年（2014）

　　10月30日至11月2日，全臺祀典大天后宮領銜、高雄新莊天后宮主辦、岡山壽天宮協辦甲午年前往中國莆田平海天后宮六年三科巡海祭典遶境祈福大典。

民國104年（2015）

　　1月5日漳洲長泰岩溪天妃宮恭請本宮天上聖母分靈漳洲長泰岩溪天妃宮。

　　1月17日至23日日本宮與前市長張麗堂等單位舉辦「超渡鄭成功來台官兵英靈暨二二八事件亡靈封靈登果護國庇民大法會」。

　　3月2日溪北六興宮往臺南大天后宮會香並駐駕大天后宮。

　　4月5日麻豆天后宮入火安座邀請大天后宮遶境。

　　6月27日（農曆5月12日）起至7月19日舉辦乙未年「慶祝鎮南天上聖母開光百週年文化季」活動。

　　10月21日至23日，海峽兩岸媽祖共同巡行海域。

　　12月29日蚵仔寮朝天宮天上聖母船仔媽歲次甲午年建廟慶成遶境邀請大天后宮鎮南媽遶境。

　　12月30日至105年1月2日安定保安宮乙未科五朝祈安清醮暨請兵調將回鑾遶境邀請大天后宮參加。

　　12月20日至105年1月9日新港奉天宮乙未年啟建金籙成祈安護國七朝清醮邀請大天后宮參加遶境。

　　12月30日受邀參加莆田賢良港天后宮聖殿媽祖開光。

民國105年（2016）

　　2月27日韓國各大國高中校長參訪團參訪本宮。

　　3月6日莆田文峰宮邀請參加「尾暝燈祈福」活動。

　　蔡英文總統蒞臨主持春祭暨秋季釋奠禮，並為所賜豊匾「被澤蒙庥」揭匾。

　　3月26日至30日參訪馬來西亞樂聖嶺天后宮、麻六甲興安天后宮、新加坡天福宮媽祖廟等交化交流。

　　4月9日新加坡天福宮等執事來宮參訪。

　　4月17日本宮春祭大典邀請第十四屆新任總統蔡英文主祭。

　　4月23日，旗山天后宮邀請本宮陪駕協助完成遶境大典。

　　5月13日香港東華三院參訪本宮。

　　6月9日丙申年端節本宮舉辦『端什龍鼓響、粽香愛心傳』活動。

民國106年（2017）

　　3月21-23日高雄鼓壽宮赴郡祈福祝壽會香。

　　3月23日新加坡天福宮參訪。

　　4月2日參加高雄鳳邑瑞安宮祈福遶境活動。

　　4月7日參加學甲慈濟宮上白礁謁祖遶境。

　　4月15日舉行春祭大典。

　　4月24日舉行巡海儀式。

　　11月19日舉行秋祭大典。

　　12月31日參加魔豆護濟宮遶境活動。

民國107年（2018）

　　4月13至17日鼓壽宮祈福祝壽會香。

　　4月21日舉行春祭大典。

　　4月26日參加學甲慈濟宮上白礁謁祖繞境。

　　4月29日參加大龍峒保安宮遶境活動。

　　6月16至17日舉行媽祖出巡遶境活動。

　　11月3日舉行秋祭大典。

民國108年（2019）

　　1月8日舉行民族路牌樓落成謝土大典。

　　3月29日茅港尾天后宮步郡進香活動。

　　3月31日舉行春祭大典。

　　4月4日參加大內石子瀨天后宮上樑大典。

　　9月10日舉行秋祭大典。

　　12月21日舉行寰宇媽祖聯誼會眾神蜈蚣陣遶境活動。

民國109年（2020）

　　11月28至29日參加善化慶安宮遶境活動。

　　12月6日參加五塊寮慶和宮建醮活動。

　　12月20日舉行冬季送暖捐助獎學金活動。

　　12月30日參加大灣廣護宮建醮活動。

民國110年（2021）

　　1月10日舉行冬祈大典，媽祖千順立牌揭幕儀式。

　　3月13日舉行春祭大典。

　　3月20至21日參加蘇厝第一代天府真護宮遶境活動。

　　4月9至11日參加鹿耳門天后宮遶境活動。

　　4月10日公塭萬安宮、溪埔寮安溪宮百足真人蜈蚣陣遶境活動蒞臨本宮。

　　4月10至11日茅港尾天后宮步郡進香活動。

　　4月18至19日高雄鼓壽宮步郡進香活動。

　　4月30日至5月2日參加土城聖母廟遶境活動。

　　8月5日舉行后德苑暨元辰殿旁廁所整修謝土大典。

　　9月11日舉行秋祭大典暨民視電視台2021新台灣奇案開鏡及台中萬春宮慶祝開基媽祖蒞台300周年喜迎神潮徵異匾活動。