民國36年（1947）
拆除重建長廊西側牆，至民國41年（1952年）底完工。
民國42年（1953）
重建廟埕廣場前照牆，牆面改為洗石子。
民國45年（1956）
北港朝天宮有意與臺南大天后宮重修舊好。朝天宮董事長王吟貴南來，與本宮董事長黃仲甫協商，要求請回「糖郊媽」。爾後按舊例進香，是時正逢大天后宮整修廟宇，王吟貴原允慨助陳玉峰施作之兩側牆壁彩繪十餘幀，及廟前照牆施工經費，其後雙方仍未修睦，上述壁畫後由府城人士捐獻。
民國48年（1959）
4月21、22日迎媽祖遶境。
同年黃仲甫仙逝，由辛文炳接掌廟務。
民國49年（1960）
重建三川門，由單簷屋頂改為重簷假四垂，簷口前圓石柱改換為臺灣觀音山石雕龍柱，由將軍鄉馬沙溝李聖宮境眾敬獻，雕造者為福建崇武來臺之石雕師林木成。
民國51年（1962）
廟產由市商會理事長王朝榮移交大天后宮管理委員會管理。
民國53年（1964）
成立首屆管理委員會，主任委員辛文炳，副主任委員王朝榮，常務委員兼營繕委員楊蒼綿，常務委員兼總務委員黃進興，管理委員侯雨利、葉再足、林全福、王趁、許石吉（兼財務委員）、許文化、蔡天寶、丁清江（兼營繕委員）、梁大松，常務監察委員鄭添池，監察委員李文仲、許錫玉，總幹事陳振山。
民國54年（1965）
臺南紡織董事長侯雨利元配侯吳烏香女士，勸捐銀質七寶神笏。製作者為莊蒜頭師傅。
民國56年（1967）
宮本延人重遊大天后宮，獻「淨心無二」匾。
民國59年（1970）
蘇南成市長發動全市百廟參加迎媽祖山上天后宮鹿耳門天后皆來參加。
民國60年（1971）
原更衣亭改置三寶殿。楊乃胡撰聯「三島護群黎深祈佛法銷諸劫，寶燈懸一盞大願神光照萬方」。
同年，清水寶天宮建廟，經向媽祖擲杯16杯，決定臺南大天后宮分香請神安座。
同年，楠梓天后宮來大天后宮進香，3頂神轎置於廟埕，竟然震動，引發神靈顯應之說。
民國65年（1976）
修復聖父母殿，全面油漆粉刷，重描彩繪。
民國69年（1980）
成立臨時管理委員會，由歐雲明任主任委員。
同年6月7日、8日迎媽祖遶境。
民國70年（1981）
成立女誦經團，師承龍華派蘇輯居士與陳蔡笑師徒，首任團長吳王火塗女士奉獻良多。
民國72年（1983）
12月27日，第二屆管理委員會正式成立，由郭國鐘先生當選主任委員，宮務之推展，開始步上正軌。
民國74年（1985）
內政部指定大天后宮為臺閩地區第一級古蹟。
民國76年（1987）
丁卯重九之日，北港朝天宮環島遶境祈安弘法活動，始由郭董事長慶文及蔡常務董事輔雄、總幹事吳祥出面接洽，與郭國鐘、黃進興、曾吉連等人協調，恢復昔日交誼。
民國80年（1991）
李登輝總統頒「海慶安瀾」匾。指派省主席連戰揭匾。
民國82年（1993）
2月6日、7日中華民藝華會在臺南舉行，大天后宮舉行迎媽祖祭典，呂松根、曾吉連正式邀請北港朝天宮三媽下郡會香巡歷，在曾蔡美佐董事長率領下，恢復昔日迎媽祖之盛況。
民國84年（1995）
由內政部全額補助，整修大殿及觀音殿。由曾吉連、呂松根、吳仁傑負責督工。立法委員蘇火燈與民政局長林森榮爭取全額補助。
民國85年（1996）
農曆3月16日，鳳山雙慈亭主任委員蘇榮銓恭請大天后宮二媽與北港朝天宮媽祖南下鳳山巡歷。
名間鄉福興宮天上聖母指示要下郡進香，然欲往何宮進香並未明示，經陳主任委員慶圖先生到臺南其他媽祖廟請筊，均未獲准，最後到本宮請示媽祖得6信筊。陳主委始道出原委，確定兩宮淵源深厚。
同年7月25日至大天后宮進香，隨香信徒三千餘人同行。
民國86年（1997）
湄洲媽祖廟千年媽祖首度來臺弘法，經董事長林聰治向媽祖擲杯，得6聖杯，依神格體制，雖然臺灣各大廟強力爭取，最後決定由臺南大天后宮具名邀請，負責迎送之禮，首站駐驛大天后宮。指派曾吉連負責規劃執行。
同年5月3日遶境。
民國87年（1998）
大天后宮第一期修復完成，計費新臺幣玖仟萬元有奇。主事者曾吉連、林森榮。
民國88年（1999）
農曆3月2日北港朝天宮、鳳山雙慈亭、善化慶安宮會香府城，參加大天后宮迎媽祖。
公塭萬安宮於民國88年12月5日動土重建，90年12月19日入火安座，主其事者蔡當先生，並邀請大天后宮曾常委吉連協助，宮宇富麗堂皇，立碑為證。現由其哲嗣蔡榮儒續擔管理大任，與溪埔寮安溪宮黃文生主委同為鎮南媽效力。
民國89年（2000）
購三寶殿右側一百三十餘坪土地，興建辦公室與香客大樓，取名「迎和樓」，翌年四月竣工啟用。此案由呂松根、林明顯、曾吉連主導。
5月拆除觀音殿後方之違建，重闢一元子園亭，以發思古之幽情。主其事者曾吉連、魏茂雄。
民國90年（2001）
整修三川殿、拜殿、三寶殿、聖父母殿等，兩期工程費由內政部全額補助，共計新臺幣1億5千萬元整。指派曾吉連、林森榮、許穆燦、魏茂雄等人負責督工。
