明治31年（1898）

　　光緒18年大天后宮整修完成，本年舉行大天后宮開扉式。日本佛教團體欲借總督府權力，將大天后宮改名臺南寺，遭到臺灣信眾強烈反對，本案乃寢。

明治37年（1904）

　　曾文溪改道，西港鄉之蛤穀港部落遭沖刷，大天后宮媽祖指示公塭萬安宮及溪埔寮安溪宮信眾搬至溪南現址建廟，並恭請本宮天上聖母奉祀。

明治38年（1905）

　　新竹新埔街人士下郡進香，信徒同獻「女中堯舜」匾。

明治39年（1906）

　　4月18日萬丹潮州庄，及港東下里（新園）等處鄉村赴大天后宮進香。

明治42年（1909）

　　8月17日，安平海頭社（效忠里）往迎北港天后聖駕（即大天后宮三媽）。

　　10月6日府城之附墩，如歸仁、大潭、大灣、大人廟庄，往迎聖母，一來一往，二萬餘人，宋江陣及獅陣，四十、五十陣。

明治43年（1910）

　　5月4日，安平炭瑤尾社新塑媽祖一座，謂是北港媽祖來附神。

明治44年（1911）

　　2月19日月津媽祖來大天后宮進香。

大正4年（1915）

　　臺南府城百廟協議新雕鎮南媽。

　　6月25日，鎮南聖母擇舊曆5月16日開光，20、21兩日間遶境。而與北港對坐之南港聖母，前常與北港聖母，來大天后宮進香。今亦欲先一日蒞南，越日即同市內各境神輿，隨駕燦行。媽祖原有祀典，選定22日安座，並舉行大祭。本廳廳長松木茂俊氏，亦欲敘匾，恭與祭典。定廳長先行拈香，次東區長許廷光氏主祭、西區長謝群我氏副祭、三郊組合長許藏春氏、董事石學文與祭。

大正5年（1916）

　　4月9日旗山（蕃薯寮）迎請鎮南媽，逢閑院宮殿下，將幸南；臺南正於3月25、26日迎媽祖，並定於此後，合照此兩日迎聖王與媽祖。

大正6年（1917）

　　2月12日舊曆元宵。羅列盆景、水仙、牡丹，供觀賣，拜殿懸謎侯教。

大正7年（1918）

　　1月18日，歸仁北里，美濃庄、下營庄等相繼迎請鎮南媽。迨月之16日，南港建醮，該宮紳董坐早番車恭請鎮南聖母神駕賁臨。

大正8年（1919）

　　4月20日，照例舊曆3月15日舉行祭典，16、17日兩日迎媽祖。藝閣繡旗五花十色光彩奪目。史上最熱鬧的一次。

　　5月13日，基隆湄洲媽祖迎請鎮南媽蒞基。

　　6月8日，大稻埕城隍廟遶境，北部居民又必到，新媽祖宮參拜鎮南媽。

大正9年（1920）

　　朴子配天宮於農曆1月1日赴湄洲進香，由董事長蔡啟耀領隊，回程從高雄港登陸，28日進香團步行至大天后宮謁祖進香，翌日起程回駕。

　　基隆聚樂社同獻「德配彼蒼」匾。該社光緒二年(1876)成立，社長李茂松於大正九年與基隆慶安宮同來大天后宮參加迎媽祖，與本宮交情深厚。

　　嘉邑義興軒同獻「護國庇民」匾。

　　臺北靈安社同獻「大天后宮」匾。

　　4月28日，嘉義子弟戲義興軒一行八十餘名，去23日來南，竪鎮南媽匾額，額曰：「護國庇民」。又豎董事石學文一匾，題「晏子遺風」四字。

　　5月6日，鎮南媽祖遶境，臺北大龍峒保生大帝、大稻埕霞海城隍、及基隆湄洲媽祖，亦恭請來南參加。

大正10年（1921）

　　2月27日，大天后宮慶元宵，市民恭奉盆景。

　　5月7日，小滾水庄者、有所謂仁武莊者、有所謂外武定十八庄者。楠梓坑庄長林土城。大竹林首事郭景各迎一鎮南媽而去。蕃薯寮（旗山）管內人民，計二、三千名，各奉其神輿，到大天后宮拈香。

　　9月4日，嘉義城隍廟迎鎮南媽到嘉與祭，並出為遶境。

　　紅毛港村民集體罹患霍亂之疫，死傷四百多人，經請大天后宮令旗鎮壓，亂始平，境眾感恩，恭雕大、二、三媽聖像鎮境。獻「惠庇群生」匾。

大正12年（1923）

　　5月15日，武廟與媽祖祭典同一天舉行，由董事總代謝群我、石秀芳兩氏，恭候參列者。吉剛州知事與祭。

大正13年（1924）

　　去25日，高雄州東港郡下林邊庄，庄長及該他人士來南，恭迎媽祖往該地遶境，祈求平安。聞東港媽祖亦迎到參加云。

　　本年人口死失，較昨年加多。各庄人民，為欲祈求平安，於去17日備鼓樂等來南，于天后宮迎請媽祖，一時頓呈熱鬧。（注：大天后宮現存昭和5年新豐郡永樂社清平社之「慈雲普被」匾）

大正15年（1926）

　　大正13年臺南運河開工，大正15年運河竣工，臺人以迎媽祖慶祝，是以有「臺南媽開運河」之俚諺。

　　林邊庄獻「海國恩波」匾。

昭和元年（1926）

　　2月26日，新南港天后宮落成建醮，該地紳董赴南，恭請鎮南聖母監臨。

昭和8年（1933）

　　4月20日，28日上午11時祭典。29、30兩日，舉行迎媽祖遶境。

　　4月30日，臺南大天后宮春季大祭。森臺南市尹為祭典委員長，川村內務部長代理知事行上香禮。

昭和10年（1935）

　　2月14日，大天后宮慶元宵，三郊組合70團。辛西淮、石秀芳、邱天賜諸氏各10團，其他5團。

昭和11年（1936）

　　4月12日，大天后宮新曆5月8日舉行祭典，9、10兩日迎媽祖遶境。新竹同文軒一行，多至568名，而11日高雄州旗山郡古亭坑72庄聯合進香團，亦逢千百餘名，市況為之一振云。

昭和16年（1941）

　　商公會欲標售大天后宮，石暘睢等以明宗人府遺跡向臺灣總督府文教局宗教調查員宮本延人請命，臺灣總督府下令緩辦。

　　臺南州知事一番瀨佳雄，強令將三郊所有財產悉數併入「臺南商工會議所」，即今臺南市商業會前身，該會所會頭宮本一學，欲將三郊產業及大天后宮一併標售，是時，天后宮因年久失修，頹敗不堪，方由境眾鳩資略加修葺。商請臺灣總督府文教局宗教調查員宮本延人來臺南調查名勝古蹟，偕石暘睢等至天后宮參觀，石氏為說明該廟係明代的宗人府遺蹟。而事有湊巧，同時值商工會議所亦派員陪同競標人，到天后宮詳看現場。石氏遂乘機向宮本報告標售天后宮事，宮本悖然不悅，且說：「此係臺灣重要的遺蹟，不可太隨便標賣。」一面請臺南州當局，飭臺南商工會議所暫緩標售，一面回臺北向文教局報告，乃命勿售臺南大天后宮，該廟得保存到現在，亦云幸矣。於是大天后宮終於免除拆毀命運，而維護之責，也由三郊轉移至境眾信士之手。民國五十六年二月十四日，宮本延人重遊大天后宮，敬獻「淨心無二」匾。