日治初期之廟宇治理

　　日本入臺之初，戎馬倥傯，佔領寺廟，對於神像、佛具多所毀壞。首任臺灣總督樺山資紀上將，曾於1875年獲派來臺偵查臺灣之防務與社會狀態，受到許廷光之掩護，進駐開元寺，當時目睹北港朝天宮下郡進香之盛況，上任後乃頒發諭告，認為「寺廟是信仰的結果、德義之標準、秩序之淵源」，因而對於人民的通俗信仰、風俗習慣，採取任其自然發展、政府不干預的態度。日人治臺後，大天后宮香火更為興盛，地方州知事亦多至本宮上香，臺南市尹主持大祭。

　　日本領有臺灣後，三郊一籌莫展，當事者星散，留下產業無人接手，公印由吳瑞記暫行保管，各郊商議另成立「臺南三郊組合」，公推王雪農為首任組合長，聘日人平野六郎為顧問，第二任組合長為許藏春，第三任為謝群我，大天后宮仍由三郊組合管理，當時共有38名信徒代表，分散於五條港範圍內。