清光緒元年（1875）

　　福建巡撫王凱泰奉命移紮臺灣，指示隨行候補同知何澂等獻「與天合德」匾。（光緒乙亥夏五月澂等隨王大中丞由省渡臺舟次南日颶風大作莫能前於是相率禱之感荷神慈默佑安抵崁成敬獻此額以誌靈貺）

清光緒5年（1879）

　　候補知府署臺防同知袁聞柝獻「錫福瀛堧」匾。

清光緒6年（1880）

　　總兵羅洪標獻「母德如天」匾。

清光緒7年（1881）

　　臺灣沿海迭遭颶風狂雨，勢甚危急，經何璟、岑毓英詣大天后宮虔禱，風雨頓止，10月15日，以神靈顯應，頒臺灣府大天后宮及各屬天后廟匾額曰「與天同功」，交何璟等祇領，敬謹懸掛，以答神庥。

　　山陰弟子章寶霖獻「聖文神武」匾。

清光緒9年（1883）

　　知府胡培滋獻「恩周薄海」匾。

清光緒10年（1884）

　　副將張兆連獻「后德配天」匾。這是清朝經營山後即台東之始。

清光緒11年（1885）

　　記名提督楊金龍獻「瑞慶大來」匾。

　　署臺澎總兵章高元獻「后來其蘇」匾。

　　張兆連率弟吉祥獻「仝邀后澤」匾，率弟得勝獻「慈航濟世」匾。

清光緒12年（1886）

　　張兆連獻「險夷神化」匾。

清光緒13年（1887）

　　首任巡撫劉銘傳奏請將全省分臺灣（臺中）、臺南、臺北三府及臺東直隸州，乃將臺灣縣改設於「大墩」（即臺中市）一帶，臺灣府亦轉至臺灣中部。原臺灣府則改設臺南府下轄安平、嘉義、鳳山、恒春四縣，臺南地名由是而生。

　　鎮海中軍張占魁獻「后恩浩蕩」匾。

　　張兆連獻「慈雲疊蔭」匾。

清光緒14年（1888）

　　臺南府安平縣知縣范克承獻「鯤海慈航」匾。

清光緒15年（1889）

　　張兆連獻「靈助平蠻」匾，並引大天后宮香火建立臺東天后宮。

清光緒16年（1890）

　　副將李得勝獻「恩宏德沛」匾。臺南府事方祖蔭獻「至哉坤元」匾。

清光緒18年（1892）

　　記名提督曾喜照獻「海宇蒙庥」匾。

　　3月3日新港奉天宮到大天后宮進香，香腳二萬餘人隨香，至12日始回。

清光緒20年（1894）

　　甲午事發，唐景松、劉永福建立臺灣民主國，以大天后宮後側廂房為「南部抗日根據地」。

清光緒22年（1897）

　　共善堂因民族路擴建神像始寄祀大天后宮更衣亭（現之三寶殿），民國13年（1924年）與廣安宮合祀。