清咸豐元年（1851）

　　元月，總兵恆裕獻「真真活佛」匾。

清咸豐2年（1852）

　　同知洪毓琛獻「厚德承天」匾。

清咸豐3年（1853）

　　七月，閩浙總督王懿德奏神靈顯應，臺灣洋面近年極為平靜，咸豐帝加封大天后宮媽祖「靖洋錫祉」封號，特御書「德侔厚載」匾額一方，「交該署督派員齎詣臺灣府城天后宮敬謹懸掛，以答神庥」。

　　八卦會戴潮春事起，府城戒嚴，來進香之北港媽祖乃夜宿城外藥王廟，翌日入大天后宮，遂開日後聖母南下來往由藥王廟街轎班抬轎，他人不得參與之先例，並從大天后宮請「香案媽」長期駐駕藥王廟。

清咸豐6年（1856）

　　臺海防分府洪毓琛、淡水廳同知丁日健同三郊鄭川澤等復發起重修廟宇，由總兵邵連科領銜，帶動文武各官及府城各郊鋪，並北港、新南港、鹽水港、鳳邑阿猴街等郊商踴躍捐資贊助。

清咸豐8年（1858）

　　分巡臺灣道兼學政裕鐸、知府孔昭慈及三郊鄭川澤、住僧達源等發起重鑄大鐘一口，知縣姚宏撰碑記。鳳山縣丞補用府經歷陸恒獻「慈雲永護」匾。

　　咸豐八年，六安楊克仲獻「海天福蔭」匾。