清道光元年（1821）

　　整修正殿、後殿、三川門及步廊，歷時四年完工。同年重修鎮殿大媽神像，主其事者為臺郡三郊，匠師為泉州陳成居。

　　三郊同獻「貺昭慈濟」匾，懸於觀音殿。

清道光2年（1822）

　　天上聖母寶像修復工竣，11月16日午時開光安座。

清道光3年（1823）

　　3月，臺灣縣知縣范邦幹獻「海國慈雲」匾。

清道光4年（1824）

　　12月，總兵蔡萬齡獻「德配蒼穹」匾。

　　旗山（蕃薯寮）由大天后宮恭請二媽分身，建立旗山天后宮奉祀。

清道光5年（1825）

　　巡道孔昭虔獻「環海徧德」匾。知府方傳穟獻「德侔天地」匾。

清道光9年（1829）

　　總兵劉廷斌領導第三批整修，包括全廟裝修檢漏。

清道光10年（1830）

　　宮宇重修完成，奠定現在之規模，並立碑列捐款名錄，含官員、郊商、境眾，及澎湖、鹿港媽祖廟等。董事李濬成等八人共同獻聯「赤崁壯璇宮奉英靈為海邦砥柱，皇朝隆祀典欽慈濟本湄島淵源」。

　　《臺灣采訪冊．臺灣府城龍局》（6月5日曾敦仁採）：「府城龍脈，自馬鞍山發下，平洋二十里，直至東門進城。由卯乙入首，分枝結府學、道、府署等處……主龍直結紅毛樓，震龍兌向；左邊武廟、右邊縣署，左右高起為砂，兩界水繞聚明堂，其主龍之結，確證明矣。」明寧靖王府一元子園亭，即建於臺灣府城主龍之結左起高砂上。

清道光12年（1832）

　　知府呂志恒獻「慈航普渡」匾。呂志恆死於張丙之亂。

清道光13年（1833）

　　欽差大臣瑚松額獻「母德敷天」匾。

　　閩浙總督程祖洛獻「寰中慈母女中聖；海上福星天上神」聯對。

　　5月，知府把渾布獻「惠澤群生」匾。軍需委員方長齡獻「東海慈航」匾。

清道光19年（1839）

　　臺灣縣知縣裕祿，重修天后神位。上書「勅封護國庇民妙靈昭應弘仁普濟福佑群生誠感咸孚天后之神」。

清道光20年（1840）

　　正月，臺灣道姚瑩獻「皇清贊順安瀾八百載神功廣運歷宋元明以翊；天后宏仁利濟億萬祀聖德長昭統江河海咸尊」聯對。

清道光23年（1843）

　　2月，英方藉《南京條約》告臺灣道、鎮妄殺英俘，耆英等遂擬臺澎道姚瑩、臺鎮總兵達洪阿之罪。閩浙總督怡良奉命渡臺逮解姚、達二人進京審問，舟至大洋，狂飆甚作，禱之暫息；抵臺，又見軍民紛紛罷市抗議。怡良因向大天后敬獻「慈航福庇」匾，以祈安全。姚、達逮京後，冤獲昭雪。

清道光28年（1848）

　　7月，敕加天后封號「恬波宣惠」四字，新任分巡臺灣道徐宗幹特書之擬增入神牌，但因神牌新雕未久，乃改為製匾懸掛，於聖父母廳之神龕上方。