清嘉慶元年（1796）

　　仕紳沈清澤、林有德、黃世綬同住持僧超如募款整修。（參見謝金鑾《續修臺灣縣志》）

清嘉慶5年（1800）

　　帝頒「海國安瀾」匾。

清嘉慶6年（1801）

　　加封天后父母，后父封「積慶衍澤公」，后母封「積慶衍澤夫人」，闢聖父母廳奉祀。

清嘉慶11年（1806）

　　臺灣沿海發生蔡牽之亂。

　　三郊郊東陳啟良、郭援華、洪秀文等成立三郊統合機構在府治水仙宮左側成立「三益堂」，每年支付大天后宮媽祖婆祭祀費一千二百元。

清嘉慶23年（1818）

　　三月十六日寅時發生回祿之災，四月整修觀音殿、更衣亭及門廳，歷時二年半竣工，為三郊主導修護之始。（參見陳國瑛等《臺灣采訪冊》）