清乾隆2年（1737）

　　加封大天后宮「護國庇民妙靈昭應宏仁普濟福佑群生天后廟」。（參見范咸《重修臺灣府志》）

清乾隆5年（1740）

　　鎮標左營遊擊石良臣重修，於後殿建左右兩廳，以右廳祀總兵張玉麒。

清乾隆30年（1765）

　　知府蔣允焄全廟整修，置官廳，設「更衣亭」，立〈重修天后宮增建更衣亭碑記〉於門廳左壁。

　　此次整修的項目有二：一為全廟的整修，係施琅改王府為宮廟以後，有文獻記載的第一次。一為增建官廳，今佛祖廳頭門內庭南側壁，嵌有「重修天后宮增建更衣亭碑記」一方，即此次整修後所立。（參見余文儀《臺灣府志．祠祀》。）

清乾隆40年（1775）

　　分巡臺灣道蔣元樞重修大天后宮，官民捐資，歷時四年竣工，立碑記於拜殿左壁。（參見謝金鑾《續修臺灣縣志．壇廟》）係乾隆四十年開始，由臺灣知府蔣元樞 所發起，所留之石碑，今尚存於再拜殿南壁。

清乾隆41年（1776）

　　蔣元樞捐造鐵香爐。銘曰「乾隆四十一年臺灣府知府蔣元樞捐造，貢生蔣鴻皋監製」。

清乾隆49年（1784）

　　謝金鑾《續修臺灣縣志．壇廟》：知府孫景燧重修，董其事者陳名標、韓日文。後孫景燧死於林爽文之亂。

清乾隆51年（1786）

　　11月25日，林爽文起事於大里杙（今臺中縣大里鄉），攻占彰化，續陷淡水、諸羅。

　　12月，莊大田舉事於阿里港，攻占鳳山，與林爽文南北夾攻府城。一直至乾隆53年2月，林莊二人先後被擒殺為止，前後達1年3個月之久。朝廷雖先後派福建水陸師提督黃仕簡、任承恩，江南提督藍元枚，閩浙總督常青入臺督師，均無濟於事，最後派陝西總督嘉勇侯福康安為欽差大臣，率巴圖魯及川、湘、桂軍渡海來臺，才得於平清。戰亂時間的長久，戰火漫衍地區的寬廣，以及朝廷調派兵員地區的廣大，人數的眾多，渡海的頻繁，都超過朱一貴之役。因之，這次戰役，可以說是清朝統治臺灣期間最大的一次爭戰，也是官軍渡海次數及數量最多的一次。臺灣海峽風信的不順，使援兵不得按時出航，必須求助於天后。各起官兵在渡海前，赴天后宮祈求平安抵臺者為數更多，媽祖幾乎成為渡臺官兵，甚至與渡臺有關的閩督、朝廷祈求的對象。

清乾隆52年（1787）

　　褒封天上聖母，御賜「恬瀾貽貺」匾。（參見西河林氏宗譜）現之廈門朝宗宮林招治董事長重新刻匾懸掛。

清乾隆53年（1788）

　　林爽文事平，於天后舊有封號上加增「顯神贊順」四字，用答神庥，而隆妥侑。並再書「佑濟昭靈」匾額一面，交福康安等於沿海口岸廟宇應懸處所，敬謹懸掛。