清康熙18年（1664）

　　延平郡王招討大將軍鄭成功歿，子鄭經襲位，在臺江東岸建宮殿，奉明正朔，沿用永曆年號，中堂左立宗人府，右立監軍府，邀監軍寧靖王入居，以王之之別號命名「一元子園亭」，即大天后宮之前身。

　　連橫《臺灣通史‧列傳一‧寧靖王列傳》（1920）：「永曆十八年春三月，經奉術桂渡臺，築宮西定坊，供歲祿。」

清康熙22年（1683）

　　清將施琅率軍攻臺，鄭氏降，寧靖王自縊，五妃殉難，捨王府為庵。僧宗福立王牌於後殿，祀觀音大士。

　　施琅來臺在大天后宮受降，進駐王府，移祀觀音大士於監軍府，並拆除宗人府，以息思明之念。

清康熙23年（1684）

　　首任諸羅縣令季麒光所撰《蓉洲文稿》內文有〈募修天妃宮疏〉、〈募修天妃宮戲臺小引〉、〈天妃宮僧田小引〉、〈寧靖王傳〉等篇，說明大天后宮的歷史應當溯及清領之前。（參見蔣毓英《臺灣府志》）

　　施琅奏請加封媽祖為「天后」，因媽祖庇佑，攻臺助戰有功，奏請康熙帝改建王府為大天后宮，帝頒天后玉璽，銘曰：「駐鎮臺郡大天后宮護國庇民天后之璽」，又頒「輝煌海澨」匾，奉旨諭祭，懸額記其事。（參見蔣毓英《臺灣府志》）

清康熙24年（1685）

　　施琅立「平臺紀略碑」於大天后宮。諸羅縣令季麒光捐獻官莊田二十七甲，以為香火之資。

　　住僧寄漚募建山門和左右廊廡，又募拓新戲臺。

清康熙28年（1689）

　　臺廈道王效宗闢廟前為講訓所，鋪石板臺基。（參見高拱乾《臺灣府志．壇講》）跋文曰：「復於月朔望，集文武吏士於天后宮，宣揚聖諭，命耆老以鄉語解說。」

清康熙29年（1690）

　　王效宗擴建廟後之祀典武廟，改為坐北朝南，從此與大天后宮分立門戶。（參見高拱乾《臺灣府志．官廟》）

清康熙32年（1693）

　　由郡城東安、西定、寧南、鎮北四坊之鄉耆、鋪戶捐資，於宮之壁立「靖海將軍侯施公功德碑」。這是大天后宮成為府城公廟之開始。

清康熙33年（1694）

　　高拱乾《臺灣府志》：「台灣古荒裔地也，前之廢興因革，莫可考矣，所得故老之傳聞者，近始自明宣德間太監王三保舟下西洋，因風過此。」另古蹟篇：「大井，開鑿莫知年代相傳明宣德間太監王三保到台曾於此井取水，即今府治西定坊大井也。」大井頭渡在東寧（赤崁）之南，這是臺灣第一渡口，候風開航的船舶畢竟不少，媽祖廟（即天妃宮）乃成為航海商漁祈求平安的處所。

清康熙36年（1697）

　　郁永河《裨海紀遊．臺海竹枝詞》：「肩披鬢髮耳垂璫，粉面朱唇似女郎，馬祖宮前鑼鼓鬧，侏離唱出下南腔。」又注：「土人稱天妃曰馬祖，稱廟曰宮。天妃廟近赤嵌城，海舶多於此演戲酬愿」。

清康熙47年（1708）

　　周元文《臺灣府志》有關大天后宮之描述與前二本雷同。臺灣荒歉，米價高漲，知府周元文，委經歷司張天銓在大天后宮前平糶倉粟，使萬戶得以全活。各地廟宇為求平安祈福方便，紛紛前來大天后宮分香奉祀。（參見周元文《重修臺灣府志．災祥》）

清康熙52年（1713）

　　吳桭臣《閩遊偶記》：「媽祖廟，在寧南坊，有住持僧字聖知者，廣東人，自幼居臺，頗好文墨。嘗與寧靖王交最厚，王殉難時，許以所居改廟，即此也。」

清康熙59年（1720）

　　奉旨編入祀典，春秋二祭，故稱「祀典大天后宮」。（參見徐葆光《中山傳信錄‧春秋祀典疏》）

清康熙60年（1721）

　　4月19日，朱一貴（漳州長泰人，康熙52年入臺）起兵於羅漢門。

　　5月1日，攻殺總兵歐陽凱等於春牛埔，杜君英先入住總兵官署，朱一貴繼入居臺廈道署。

　　三日癸亥，立朱一貴為王，通天冠、黃袍、玉帶，皆取之優。起事者擁坐堂上呼萬歲，建號永和。俗傳朱一貴稱王登基之處，即在大天后宮，或因之被稱為鴨母王宮。

　　同年6月，為水師提督施世驃所敗，北走諸羅溝尾庄，被俘，事平。這次戰役的迅速結束，理由甚多，然前後任統帥施世驃、藍廷珍二人，鑑於施琅遭康熙皇帝斥為「恃功驕緃」，不敢自居其功，遂將功勞歸之於「賴皇上威靈，波臣效順，潮水漲高八尺，好風利自西來，連檣並前，礁石無犯，遂奪天險，攻克鹿耳門。」